La armada se puso en movimiento. La línea se extendía en un frente de 16 km.
Estaba organizada en cuatro partes, siguiente el esquema clásico
Mediterráneo:

-Vanguardia. 7 galeras al mando de Juan de Cardona.
-Ala derecha. 53 galeras, 26 de España (España, Nápoles, Génova, Malta y Saboya), 25 de Venecia y 2 del Papa, al mando de Juan Andrea Doria.
-Cuerpo de batalla o centro. 64 galeras, 30 de España, 27 de Venecia y 7 del papa, , entre las cuales figuraban la capitana del comendador mayor, la capitana del Papa a la diestra y la de Venecia a la siniestra del generalísimo, don Juan, que comandaba personalmente esta partición.
-Ala izquierda. 53 galeras, 41 de Venecia, 11 de España y 1 del Papa, al mando de Barbariego, segundo de Veniero.
-Retaguardia. 30 galeras, 15 de España, 12 de Venecia y 3 del papa, a las órdenes de don Álvaro de Bazán.

A golpe de vela y remo, los encadenados galeotes aproximaban día a día la flota cristiana a la costa turca, rumbo al golfo de Patrás. Aguardando, la escuadra turca se guarecía en la ciudad costera de Lepanto. Las fuerzas otomanas estaban al mando de Alí Pachá, almirante supremo, bajo cuyas órdenes se encontraban expertos marinos como Amurat Dragut Rais (veterano de Malta), Mehmet Pachá y Euljd Alí Pachá, antiguo italiano convertido al islam y pirata berberisco, terror del Mediterráneo, apodado por los cristianos "Uchalí o Uluch Alí".

La flota turca estaba compuesta por 208 galeras, 66 galeotas o fustas y 25.000 soldados; de éstos, 2.500 jenízaros. Los jenízaros era la élite del ejército turco. Habían sido creados hacía siglos pero gozaban de buena salud. Se trataba de una fuerza compuesta por niños cristianos (en su mayoría balcánicos) dados obligatoriamente por sus padres al servicio del sultán desde su más tierna edad. Los jenízaros se entrenaban duramente en sus cuarteles y aprendían a ser verdaderas máquinas de combatir al servicio de Sultán. Morir, para ellos, era alcanzar el Paraíso. La disciplina era férrea y su modo de vida, espartano. Manejando sus arcos curvados, arcabuces o cimitarras, los jenízaros eran la fuerza más temible del Imperio Otomano.
El resto de los soldados eran, mayoritariamente, de leva, aunque existía otro núcleo profesional: los spahíes, soldados de la guardia de caballería del Sultán, protegidos por un casco y cota de malla (frente al resto, que casi no llevaba protección alguna), manejando hachas multiuso, mazas, cimitarras o alfanjes.

Los almirantes turcos debatieron en el castillo de Lepanto la estrategia a seguir. Aunque Uluch Alí era partidario de resguardarse en el puerto y desgastar a la flota cristiana en un prolongado sitio, se impuso el temperamento visceral de Alí Pachá, que quería enfrentarse y aplastar a la armada cristiana en el mar.

El 7 de octubre, con viento favorable, la armada otomana se desplegó en el golfo de Patrás. Comenzaba la mayor batalla naval de la historia del Mediterráneo.

La más alta ocasión que vieron los siglos

La armada cristiana tuvo una grata recompensa al salir tan temprano, pues divisió a la flota turca cuando estaba a más de 15 millas. El avance se realizó en perfecto silencio, estando penado usar un arma o tocar algún instrumento (se referían a los pífanos y tambores que transmitían las órdenes a la infantería). La Real, buque insignia de la flota, construido en las atarazanas de Barcelona y donde iba el propio don Juan, izó una bandera blanca a la par que tiraba un cañonazo de advertencia. Era la señal convenida.

El ritmo en las naves se aceleraba. Al rápido toque de los tambores se despejaron cubiertas, prepararon las baterías de cañones, se vertió arena sobre la madera para evitar resbalar en la sangre, se colocaron barriles de agua junto a las zonas más vulnerables al fuego, se cortaron los espolones (morro puntiagudo con el que se embestía a otra galera. El cortarlos era una maniobra inteligente experimentada por los cristianos, pues la artillería, situada a proa, podía apurar sus disparos hasta el último momento e inflingir mayor daño al enemigo) y las naves se colocaban, lentamente, en sus posiciones de combate. Los turcos respondieron caballerosamente desde La Sultana, buque insignia de la armada otomana. Alí Pachá ordenó responder a la caballerosa invitación, disparando otro cañonazo de avertencia.

Mientras se iba completando el despliegue, don Juan embarcó en una nao desde la que dió consejos y arengó a sus tropas. A los italianos, les recordó que era la hora de vengar la caida de Chipre: “Hoy es día de vengar afrentas; en las manos tenéis el remedio de vuestros males; menead con brío y cólera las espadas”. A los españoles, sus queridos hermanos e "hijos", les habló con más llaneza: "Hijos, a morir hemos venido, a vencer si el cielo lo dispone.
No déis ocasión para que el enemigo os pregunte con arrogancia impía ¿Donde está vuesto dios? Pelead en su santo nombre, porque muertos o victoriosos, habréis de alcanzar la inmortalidad". La gallarda imagen de don Juan llenó de ardor a sus tropas. Se olvidaron las pasadas rencillas y desaveniencias entre aliados, e incluso Veniero "con lágrimas en los ojos, le pidió que olvidara acciones anteriores, asegurándole que hundiría tantas galeras enemigas como pudiera alcanzar".

Aprovechando buen viento, los cristianos pudieron remolcar las pesadas galeazas unas millas más adelante. Las galeazas habían sido inventadas por Francesco Duodo, que ahora las comandaba. Se trataba de unas galeras más grandes de lo normal que, además de las cinco piezas de artillería de proa, tenían una fila de cañones a cada banda, bajo la cubierta, a modo de galeón.
Su potencia de fuego era increible.

La armada otomana desplegó velas y, a golpe de remo, se acercaba a la cristiana en medio de los gritos, disparos, rezos e imprecaciones que lanzaban desde las cubiertas para darse ánimos y asustar a los cristianos.

Apenas pasado mediodía, los turcos hicieron su primera descarga de artillería, demasiado lejana, que sólo consiguió rendir un palo a la galera de Cardona. En ese momento, Duodo dispara el primer cañonazo de su galeaza, que arranca el fanal de la galera Sultana, posición que hacía bien poco había ocupado el propio almirante turco. Ante esta señal, el resto de las galeazas vomitó un fuego certero sobre la escuadra enemiga, merced a sus cañones de largo alcance. Hundieron dos galeras y causaron desperfectos a varias de ellas. Asustados por tan mortíferos artefactos y soportando una segunda descarga, los turcos procuraron dejarlas atrás pues, no en vano, eran demasiado pesadas como para moverse sin ser remolcadas.

Que cada uno haga otro tanto

En el ala izquierda, Mehmed Pachá intentaba aprovechar el hueco que las galeras venecianas habían dejado entre ellas y la costa para iniciar una maniobra de flanqueo. El punto flaco de toda galera era su espalda, cosa que todos sabían, de ahí la importancia de que la línea cristiana cubriera todo el golfo. Con gran habilidad, consiguieron pasar doce galeras, casi rozando la arena. Trece galeras turcas atacaban la de Barbariego, que se batió con ardor. No obstante, y a pesar de que las flechas otomanas rara vez atravesaban las corazas cristianas, una le alcanzó en el ojo y hubo de ser atendido a resguardo. Los venecianos se batieron con ardor. Giovanni Contarini, sobrino de Barbariego, rechazó un asalto jenízaro por la proa de su nave, aunque pereció en el intento.