Finalmente y tras una dura lucha, los turcos agotaron sus flechas, con lo que perdieron parte de su potencial ofensivo. La galera capitana de Barbariego fue socorrida, al fin, mientras que dos más daban cuenta de la del almirante turco Mehmed Pachá, que fue encontrado flotando en el agua agarrado a unos restos. Se le remató para evitarle sufrimientos. La victoria en el ala izquierda fue completa. Todas las galeras turcas fueron quemadas, hundidas o apresadas.

En el centro la lucha era más encarnizada, si cabe. Congregábanse allí el grueso de las galeras españolas, muchas capitanas de otras naciones y La Real, el buque insignia. Alí Pachá prometió a sus jenízaros el paraíso mientras ordenaba a los esclavos cristianos que remaban apresurar la marcha.
Su objetivo era La Real. La galera insignia turca, La Sultana, descargó su artillería de proa sobre La Real, causando algunas bajas. Aguardando hasta el último momento, la artillería cristiana disparó a bocajarro sobre la proa turca, llevándose por delante a muchos combatientes musulmanes. Finalmente, La Sultana embistió a La Real, penetrando con su espolón hasta la altura de la tercera bancada de remeros. La Real no se hundió, ya que el novedoso sistema de mamparos con el que fue construido su armazón interno lo impidió.

Inmediatamente, los jenízaros turcos se lanzaron al abordaje. Los soldados embarcados, escogidos veteranos de los Tercios de Flandes, encendieron las mechas de sus arcabuces y mosquetes. La primera descarga de los 400 soldados españoles se llevó por delante al grueso del ataque turco. Sin pensárselo dos veces, los soldados echaron mano a sus espadas y abordaron la galera rival. Fueron, no obstante, detenidos a la altura del palo mayor, ya que galeras auxiliares turcas comenzaron a insuflar tropas de refresco dentro de su buque insignia. Rechazados tras un cruento combate, los soldados españoles volvieron a La Real, efectuando otra descarga.

Mientras el combate entre los buques insignia tenía lugar, el resto de la línea se enzarzó en una cruenta lucha. La batalla se volvió un caos: galeras turcas capturadas y manejadas por españoles o italianos, galeras cristianas capturadas por los turcos que seguían combatiendo, galeras incendiadas o hundidas, restos flotando por doquier, así como los cadáveres que caían al agua. Enmedio de aquel infierno, los casos de heroísmo individual se sucedían. El sargento Martín Muñoz, que se hallaba enfermo de calentura en la enfermería de su galera, oyó el combate y tomó su espada. Pasó a la galera turca matando a siete de sus enemigos, no sin ser alcanzado de cuatro flechazos y con la pierna partida por una bala de arcabuz. Sentándose a morir dijo a sus camaradas: "Señores, que cada uno haga otro tanto".

Lucha de titanes

En La Real se desarrollaba un potente ataque turco. Con ayuda de los jenízaros, spahíes y milicianos que diez galeras turcas vomitaban sobre la cubierta de La Sultana, conseguían hacer retroceder a los españoles, palmo a palmo. Los galeotes de La Real, que habían sido liberados de sus cadenas y provistos de armas (al igual que los de toda la escuadra cristiana) lucharon junto a los soldados por su libertad prometida. Don Juan de Austria, junto a los capitanes y nobles que le acompañaban, desenvainó la espada, dispuesto a vender cara su vida.

Ali Pachá, acompañado por sus mejores jenízaros, saltó a La Real, arco en mano, sumándose a la pelea como un turco más. Era su triunfo, y no se lo iba a perder por nada del mundo. A base de sudor, flechas y tajos de cimitarra, los turcos comprimieron a los españoles en un estrecho espacio desde popa al palo mayor. Solo un milagro podía salvar a la real. Y el milagró llegó. Don Álvaro de Bazán, el viejo marino, llegó con 30 galeras de refresco en apoyo de don Juan. Dos de ellas comenzaron a insuflarle a la necesitada capitana más arcabuceros y mosqueteros de los tercios. Se produjo una descarga de los recién llegados, desde los barcos y desde la borda, que aclaró lo suficiente las filas turcas. En ese momento y con una agilidad simiesca, don Juan corrió hacia delante, sumándose al combate como un soldado más, gritando a sus soldados que avanzaran.

Escoltado por lo más granado de la nobleza española (que en cuestión de lucha se batía como el que más), consiguió empujar a los turcos hacia su propio buque. Algunos soldados cortaron las cadenas de los galeotes cristianos esclavos, que se sumaron a la pelea, encantados de vengarse de sus antiguos opresores. En lo más cruento del combate, Alí Pachá fue alcanzado por una disparo de arcabuz. Uno de los galeotes le cortó la cabeza con un hacha y, ensartándola en una pica, se la ofreció a don Juan. Asqueado por la naturaleza de ese presente, el joven almirante mandó que la arrojaran al agua. El estandarte cristiano ahora hondeaba en el buque insignia turco, donde el combate había terminado.

En torno a La Real, el combate había sido fiero. La galera de Veniero había sido asaltado y el almirante veneciano herido en una pierna. Después, persiguió infatigablemente a la galera de Pertau Pachá, que quiere escabullirse. Asaltada su nave, el capitán turco huye saltando a una fragata cercana con la espalda incendiada por una piñata de fuego. En la cercana capitana de Génova, el príncipe de Parma, Alejandro Farnesio (compañero de juventud de don Juan de Austria, que iba a convertirse en Flandes en uno de los más temidos generales del siglo XVI) y un soldado español, Alfonso Dávalos, saltan a una galera enemiga en solitario y, palmo a palmo, la hacen suya.

Uchalí

La victoria se había alcanzado en el flanco izquierdo y en el centro, donde las naves turcas que no podían huir eran tomadas o apresadas, pero el flanco derecho apenas había registrado movimientos de importancia. Doria aguardaba que Uluch Alí moviera ficha, y la supo mover bien. El apóstata lobo de mar turco viró hacia el norte, ganando el espacio que, por la desorganización del combate, había quedado entre las galeras de Doria y el resto de la escuadra cristiana.

Su primer trofeo fue la capitana de Malta, que atacó con seis galeras argelinas, que se hallaban frescas, mientras que la galera de la Orden de Malta llevaba varias horas de combate. Asediado por todas partes, Guistiniani, el capitán maltés, no pudo evitar que su galera fuera apresada.
Mientras tanto, el grueso de las galeras de Uluch Alí se enzarzaban en un cruento combate con las naves de Doria. Viendo que los argelinos del flanco derecho habían hundido ya a seis galeras cristianas, don Juan de Austria y don Álvaro de Bazán ordenaron bogar en su ayuda.

Uluch Alí, que estaba remolcando a la capitana de Malta, tuvo que dejar su presa ante la proximidad de los refuerzos cristianos y consiguió huir en solitario con su galera. El estandarte de la capitana maltesa capturada fue el único trofeo que pudo entregar al sultán Selim. Liberada la galera de Malta, se encontró a un malherido, pero no muerto, Guistiniani, único superviviente del combate en la misma.

Las galeras de socorro dieron sobre las argelinas, experimentándose un cruento combate. En una de aquellas galeras, de nombre "Marquesa" (de bandera veneciana) iba embarcado un contingente de soldados españoles entre los que se contaba el inmortal y futuro escritor del Quijote, don Miguel de Cervantes. Convalenciente en la enfermería de mareo y malaria, rogó a su capitán que le dejara participar en la batalla: "Que más quería morir peleando por Dios é por su rey que no meterse so cubierta". Se le puso al mando de 15 soldados en el esquife, una pequeña embarcación auxiliar a modo de diminuta galera que, cuando no se usaban, colgaba de uno de los costados de popa, era el lugar más susceptible de ser abordado por el enemigo.
Combatiendo valientemente a espada y arcabuz, fue herido dos veces, una en el pecho y otra en el hombro, que le dejó manco de la mano izquierda (conservó el brazo, pero inmóvil).

Al anochecer, la victoria cristiana era total. La mayor parte de la escuadra turca había sido hundida o apresada, muy pocas naves consiguieron escapar.

Conclusiones

Lepanto fue el triunfo más sonado de Felipe II, y aún el triunfo más grande del ejército español en su historia. Si bien es cierto que el avance turco por tierra se había estancado, no resultaba así con su flota. Tras Lepanto, y aunque los turcos reconstruyeron su potencial naval rapidamente, el Imperio Otomano comenzaría un lento declive que culminaría en el siglo XX.
Nunca más volvió a amenazar seriamente al occidente cristiano.

Así pues, y a pesar de los fallos estratégicos cometidos durante las incesantes guerras del reinado de Felipe II (batallas ganadas pero guerras que, a la larga, iban a perderse), Lepanto fue un triunfo sin paliativos.
Sólo por esta providencial victoria, su reinado adquiere una importancia de primer plano en la historia mundial