LLEGADA DE LOS PORTUGUESES A AMERICA
En el año 1530 llegaba a las costas del Brasil, enviado por el monarca portugués, la expedición de Martín Alfonso de Sousa, con la manifiesta intención de conquistar y colonizar los territorios que por efecto del Tratado de Tordesillas le correspondían a Portugal.
En 1534 fue fundada San Vicente e inmediatamente después, el rey Juan III dividió administrativamente el territorio ubicado al oriente de la línea de Tordesillas en quince capitanías de carácter hereditario. En el año 1549 se creó un gobierno general que se estableció en San Salvador. Los portugueses introdujeron a los jesuitas en sus territorios con la finalidad de que catequizaran a los indígenas. El 22 de enero de 1554 el P. José Anchieta, enviado desde San Vicente por el P. Manuel Nóbrega, fundó el Colegio San Pablo de Piratininga, originándose de ese modo la ciudad de San Pablo. El sitio, en el que se descubrieron algunas escasas muestras de plata, despertó la imaginación y la codicia de un gran número de aventureros que se instalaron en la zona. A éstos se sumaron desertores y náufragos de los más diversos orígenes étnicos. En ese ambiente, en donde la mujer blanca era escasa, comenzó a darse el mestizaje étnico. La producción azucarera y ganadera predominaba sobre el litoral atlántico brasileño, que a fines del siglo XVI ya estaba totalmente poblado. La mano de obra negra esclava, que llegaba a las costas del Brasil desde el África, era la que sustentaba todo ese sistema productivo era escasa ya que si bien la cercanía de África proveía esta mano de obra, el descuido y maltrato a las que eran sometidos estos, hacia que pocos sobrevivieran. además de que el mercado del norte y el centro de América absorbiera la mayor parte de este tipo de esclavos.-
A comienzos del siglo XVII los holandeses se hacen presentes en tierras del Brasil con la firme decisión de tomar posesión de ellas. Comenzaron por controlar con acciones de piratería la navegación sobre la costa del Atlántico, perturbando seriamente el tráfico de esclavos. Ante la imposibilidad de importar negros desde el África, el indio, como potencial esclavo, cae en la mira de los hacendados o fazendeiros portugueses. Los habitantes de San Pablo, viendo esfumados sus sueños de hallar fabulosas cantidades de plata, comenzaron a avanzar hacia el interior desconocido del Brasil en busca de la plata, el oro y las piedras preciosas que no habían hallado en la región de Piratininga. En sus entradas cautivaron a los primeros indios, que fueron vendidos como esclavos a los hacendados de San Vicente por un muy buen precio. Así nacen las “Bandeiras o Banderas”, lideradas por un “Capitao = Capitán”, que generalmente era un ex militar con conocimientos avanzados o un aventurero, que aportaba una tropa reclutada por él, así comienzan a organizarse las bandeiras, expediciones para cazar esclavos.
Domingos Jorge Velho famoso capitao de bandeirantes
Estaban así organizadas y dirigidas como una empresa comercial por los sectores dirigentes de San Pablo, y sus filas se integraban con mamelucos (hijos de blanco e india), indios tupíes y aventureros extranjeros que llegaban a las costas del Brasil a probar fortuna.
En su avance hacia el occidente las bandeiras cruzaron el nunca precisado límite del Tratado de Tordesillas, que perdió su sentido durante el período en el que Portugal formo una unión dinástica AEQUE PRINCIPALITER con la Corona de Castilla, penetrando repetidas veces con sus incursiones violentas en los territorios del Virreinato de Perú, contaban, también, con la complicidad de la sociedad de funcionarios coloniales españoles y encomenderos del Paraguay. Indirectamente, los bandeirantes paulistas se convirtieron en la vanguardia de la expansión territorial portuguesa hacia los territorios hispánicos lo que se consolido al recuperar Portugal su independencia de la Corona Española.
En su constante búsqueda de indígenas, los bandeirantes llegaron a la zona oriental del Guayrá, en momentos en que los Padres de la Compañía de Jesús se hallaban en plena tarea de catequización de los guaraníes. En un primer momento respetaron a los indios reducidos en pueblos por los jesuitas y no los cautivaban. Pero los miles de guaraníes, concentrados en pueblos, mansos y diestros en diversos oficios, eran una tentación en la perspectiva de los bandeirantes, más aún cuando se hallaban indefensos, desarmados y desprotegidos militarmente.
Entre los años 1628 y 1631 los bandeirantes Raposo Tavares, Manuel Preto y Antonio Pires, con sus huestes, azotaron periódicamente las reducciones del Guayrá, cautivando miles de guaraníes que luego eran subastados en San Pablo. En la entrada de los años 1628-1629 los paulistas habían cautivado 5.000 indios de las reducciones, pero únicamente 1.500 llegaron a San Pablo, el resto había perecido en el trayecto víctima de la brutalidad de los esclavistas, los que simplemente ejecutaban a quienes no estaban en condiciones físicas de continuar la marcha. En el año 1632 el Guayrá era un territorio desierto con pueblos destruidos y abandonados. Burlados por los 12.000 guaraníes que marcharon hacia el sur en busca de refugio, los bandeirantes continuaron hacia el occidente asolando las reducciones del Itatín en el año 1632. Luego siguió el Tapé, invadido durante los años 1636, 1637 y 1638 por sucesivas bandeiras dirigidas por Raposo Tavares, Andrés Fernández y aspiraciones expansionistas de los lusitanos, que liderados por los bandeirantes se dedicaban a la caza de indios para venderlos.
Campamento Bandeirante a la orilla de un río, volviendo con cautivos.
Los constantes ataques fueron llevando a que los padres jesuitas empezaran a organizar fuerzas de autodefensa lo que no era bien visto por los gobernantes de Asunción, ya que consideraban que las armas en manos de los aborígenes podían ser usadas en ataques a las poblaciones como estaban sucediendo en los territorios mas al norte en lo que hoy se conoce como el Mato Grosso, donde existían tribus mas belicosas que no aceptaban el ingreso del hombre blanco en sus territorios.-
Esto llevo a que las misiones jesuíticas buscaran su autodefensa.
MISION DE MONTOYA FRENTE A LA CORONA ESPAÑOLA
En el año 1638 los padres Antonio Ruiz de Montoya y Francisco Diaz Taño, viajaron a España con el objetivo de dar cuenta al Rey Felipe IV, de lo que ocurría en las misiones asentadas en sus territorios en América, su intención era conseguir que el rey levantara la restricción del manejo de armas por parte de los indígenas.
Las recomendaciones de Ruiz de Montoya fueron aceptadas por el Rey y el Consejo de Indias, expidiéndose varias Cédulas Reales, despachándoselas a América para su cumplimiento.
Por una Real Cédula del 12 de mayo de 1640 se permitió que los guaraníes tomaran armas de fuego para su defensa, pero siempre que así lo dispusiera previamente el Virrey del Peru, por este motivo Ruiz de Montoya partió hacia Lima, con la objeto de continuar allí las gestiones referidas a la provisión de armas.
Por su parte, el padre Taño viajó a Roma para informar al papa de la caza de esclavos por parte de los portugueses en las misiones a fin de obtener una protección papal., y una observación de este al Monarca Portugués, algo que si bien se hizo, no fue obedecido por este ultimo o al menos sus súbditos en América, ignoraron limpiamente.
EL ENCUENTRO EN APOSTOLES DE CAAZAPAGUAZU
“PRIMERA VICTORIA MISIONERA”
Mientras tanto y ante el peligro inminente de que los bandeirantes cruzaran nuevamente en una incursión en busca de esclavos el rio Uruguay, el padres provincial Diego de Boroa, con la anuencia del Gobernador de Asunción y de la Real Audiencia de Charcas, decidió que las tropas misioneras utilizaran armas de fuego y recibieran instrucción militar.
El suelo de la actual Provincia de Misiones es rico en ferrite, de allí su coloración rojiza de la tierra, y en las sierras que cruzan su geografía de sur a norte hay yacimientos que si bien no permiten hoy su explotación industrial en aquellos tiempos y con sus hornos artesanales permitían la producción de hierro que en su momento sirvió para la producción de clavos elemento que solo venia desde España y era escaso en América y que los jesuitas violando las normas que prohibían su producción en estas tierras, hicieron para satisfacer sus necesidades e incluso las de la gobernación siendo esta cómplice de la desobediencia.- Cuando se vio la necesidad de fabricar armas para la defensa de las poblaciones, ya las instalaciones existían y dentro de la congregación habían antiguos soldados y artesanos que crearon los elementos para la fabricación de estas, desde Buenos Aires se enviaron once hombres del cuerpo de cabos y sargentos que era una unidad donde se nucleaban a los soldados veteranos que servían como instructores en las milicias para organizar a las fuerzas de defensa.
A fines de 1638 el padre Diego de Alfaro, cruzó el río Uruguay con un buen número de guaraníes armados y adiestrados militarmente con la intención de recuperar indígenas y eventualmente enfrentar a los bandeirantes que merodeaban por la región.
Luego de algunos encuentro esporádicos con las fuerzas paulistas, a las tropas del padre Alfaro se le sumaron 1.500 guaraníes que llegaban dirigidos por el padre Romero. Se formó entonces un ejército de 4.000 misioneros que avanzó hasta la arrasada reducción de Apóstoles de Caaazapaguazu donde los bandeirantes se hallaban atrincherados después de varias derrotas parciales.
El choque armado constituyó la primera victoria decisiva de las huestes guaraníes sobre los paulistas, los cuales luego de rendirse huyeron precipitadamente.
LOS PAULISTAS PREPARAN SU CONTRATAQUE
Deshechas las fuerzas bandeirantes luego del encuentro en los campos de Caazapaguazú, éstos regresaron a San Pablo para informar a las autoridades de lo ocurrido.
Coincidentemente, para esa fecha (mediados del año1640 ), llegó a Río de Janeiro el padre Taño procedente de Madrid y de Roma. Llevaba en su poder Cédulas Reales y Bulas pontificias que condenaban severamente a las bandeiras y al tráfico de indígenas.
Ambos hechos produjeron una violenta reacción en la Cámara Municipal de San Pablo, la que, de común acuerdo con los fazendeiros, expulsó de la ciudad a los jesuitas.
Se organizó una enorme bandeira con 300 holandeses, portugueses y mamelucos armados con fusiles y arcabuces, 900 canoas y 6.000 tupíes armados con flechas comandada por Manuel Pires, el objetivo de la expedición era tomar y destruir todo lo que se encontrara en los ríos Uruguay y Paraná, tomando todos los esclavos posibles.
SE ANUNCIA LA BATALLA
A fines de 1640 los jesuitas con la expulsión de los sacerdotes de San Pablo, empezaron a tener noticias de que se preparaban una nueva incursión, y la confirmación llego con los mensajes enviados por esclavos escapados que habitaban en la zona quienes tuvieron evidencias de una nueva incursión de bandeirantes más numerosa que las anteriores y le informaron a los jesuitas. Ante estas evidencias se constituyó un ejército de 4.200 guaraníes armados con hachas de piedras, arcabuces, flechas, alfanjes y rodelas,las fuerzas incluían caballería armada con lanzas, pero por las condiciones del terreno no era muy efectiva, sirviendo principalmente de apoyo de la infantería y la artillería, esta se componía de cañones fabricados de madera de tacuara forrados en cuero o «bocas de fuego», el número de armas de fuego era escaso en comparación del número de combatientes, apenas trescientas entre fusiles y arcabuces.
Los indios a pie debían llevar flechas, arcos, piedras, macanas y rodelas, la caballería lanzas, adargas, macanas, capacetes (cascos) y espuelas. Los flecheros iban provistos de dos arcos, cuatro cuerdas y treinta flechas. Los pedreros cincuenta piedras (al menos), una docena de ondas, una macana (garrote) y un cuchillo,también llevaban boleadoras de una piedra. en la ofensiva, los guaraníes no solían usar el arco porque mataba a distancia y resultaba indigno para un guerrero
El reglamento desarrollado por los jesuitas durante el siglo XVII para las defensas de los pueblos exigía que todos los indios adultos tuvieran entrenamiento y los niños empezaran a practicar a los siete años una vez al mes con hondas, arcos y lanzas, los jóvenes debían ser diestros en el uso de machetes o espadones anchos «que tienen el golpe más seguro». También toda localidad debía tener su propia reserva de pólvora, hondas y piedras, arcos y 7.000 flechas con puntas de hierro, 200 caballos para uso militar, 60 lanzas, 60 desjarretaderas (cuchilla de metal en forma de media luna sujeta a un palo) y una maestranza donde fabricar pólvora.
Cada pueblo incorporo instrumentos como atabales, trompetas o cornetas y tambores, entre otros.
Los indios llamaban guyrapá al arco, jhu'y a las flechas, mimbucú a la lanza y tacapé a la macana. Originariamente los guaraníes tenían como su tarea defenderse de las incursiones de los indios chaqueños, en especial, los mbayas, feroces enemigos, hábiles con la lanza y el arco.
Para la batalla, había trescientas balsas a las que se sumaban apenas sesenta canoas con 57 mosquetes y arcabuces, todas cubiertas para protegerse de las flecherías y pedradas de los tupíes.
Recibieron instrucción militar de ex militares, los Hermanos Juan Cárdenas, Antonio Bernal y Domingo Torres. La operación estaba dirigida por el padre Romero. Las fuerzas defensoras estaban dirigidas por los padres Cristóbal Altamirano, Pedro Mola, Juan de Porras, José Domenech, Miguel Gómez, Domingo Suárez.
El Ejército Guaraní se organizó en compañías comandadas por capitanes, en este se nombro Capitán General a un renombrado cacique del pueblo de Nuestra Señora de la Inmaculada Concepción de Ibitiracua, Nicolás Ñeenguiru, le seguían en el mando los capitanes Ignacio Abiarú, cacique de la Reducción de Nuestra Señora de la Asunción de Acaragua, Francisco Mbayroba, cacique de la Reducción de San Nicolás y el cacique Arazay, del pueblo de San Javier.
La Reducción de la Asunción del Aracagua, ubicada sobre la orilla derecha del río Uruguay, en una loma cercana a la desembocadura del arroyo Aracagua, fue trasladada y reubicada por precaución río abajo, cerca de la desembocadura del Arroyo Mborore en el río Uruguay. De ese modo la reducción quedó convertida en centro de operaciones y en el cuartel general del ejército guaraní misionero.
Las características del terrero y el recodo que forma el arroyo Mbororé hacían de este sitio un lugar ideal para la defensa.
Al mismo tiempo se destacaron espías y guardias por los territorios adyacentes y se estableció una retaguardia en Acarágua.
LA BANDEIRA AVANZA 
Fuerzas bandeirantes al mando de Manuel Pires y Jerónimo Pedrozo de Barros partieron de San Pablo en septiembre de 1640.
Adelantaron un grupo numeroso para establecer diversos campamentos y parapetarse en varios puntos del recorrido previendo posibles ataques por parte de partidas de guerrillas guaraníes.-Una partida llegó al Acaraguá, donde encontraron la reducción completamente abandonada. Y aprovecharon este sitio para levantar empalizadas y fortificarlo a fin de utilizarlo como base de operaciones.
Posteriormente se replegaron ya que eran muy pocos como para poder repeler posibles ataques, para avisar al resto de la bandeira de la seguridad del asentamiento, dejando este sin ninguna custodia y a merced de los guaraníes.
LA BATALLA
Una crecida del río Uruguay en enero de 1641 trajo consigo una gran cantidad de canoas y mucha flechería, lo cual dio una idea a los jesuitas de la cercanía del enemigo.
Además, luego de que el grupo explorador paulista se replegara del Acaraguá, varios guaraníes que habían logrado escapar de los esclavistas dieron con los jesuitas a quienes informaron del número y armamento de los bandeirantes.
Entonces una pequeña partida misionera se estableció nuevamente en el Acaraguá en misión de observación y centinela. El 25 de febrero de 1641 partieron ocho canoas río arriba en misión de reconocimiento. A pocas horas de navegar, se encontraron cara a cara con la bandeira que llegaba bajando con la corriente del río con sus 300 canoas y balsas pertrechadas. Inmediatamente seis canoas bandeirantes comenzaron a perseguir a los misioneros, los cuales se replegaron rápidamente hacia el Acaraguá. Al llegar, los guaraníes recibieron refuerzos y las canoas bandeirantes debieron replegarse.
Mientras tanto un grupo de misioneros partió velozmente a informar a los jesuitas del cuartel de Mbororé de la situación río arriba.
Al amanecer del día siguiente, 250 guaraníes, distribuidos en treinta canoas y dirigidos por el cacique Ignacio Abiarú se enfrentaron a más de cien canoas bandeirantes, logrando que éstos debieran replegarse.
Alejados los paulistas, los guaraníes procedieron a destruir todo aquello que pudiera servir de abastecimiento en Acaraguá y se replegaron hacia Mbororé. Por las características geográficas de este sitio, era el ideal para enfrentar a los portugueses, ya que los obligaba a una batalla frontal.
Efectivamente, al llegar la bandeira a Aracaguá el 11 de marzo de 1641 no encontró nada de provecho y se dirigió rumbo a Mbororé. Unas 300 canoas y balsas avanzaron río abajo.
Sesenta canoas con 57 arcabuces y mosquetes, comandadas por el capitán Ignacio Abiarú, los esperaban en el arroyo Mborore.en tierra, miles de guaraníes respaldaban a las canoas con arcabuces, arcos y flechas, hondas, alfanjes y garrotes.
El choque armado fue rápidamente favorable a los guaraníes. Un grupo de bandeirantes logró ganar tierra y se replegó hacia Acaraguá, donde levantaron una empalizada.
Durante los días 12, 13, 14 y 15 de marzo, los misioneros bombardearon continuamente la fortificación con cañones, arcabuces y mosquetes, tanto desde posiciones terrestres como fluviales, sin arriesgar un ataque directo. Sabían que los portugueses carecían de alimentos y agua, por lo que se prefirió una guerra de desgaste,además, varios tupíes comenzaron a desertar y unirse a las tropas misioneras, facilitando información sobre el enemigo.
El 16 de marzo los bandeirantes enviaron a los jesuitas una carta donde solicitaban la rendición. Dicha carta fue rota por los guaraníes. Los portugueses intentaron huir del asedio guaraní remontando en sus balsas y canoas el río Uruguay. Sin embargo, en la desembocadura del arroyo Tabay los esperaba un contingente de 2.000 guaraníes armados.
Ante esta situación, los portugueses decidieron retroceder hacia el Acaraguá para ganar la margen derecha del río y así poder escapar de los guaraníes. Sin embargo fueron perseguidos hasta perder gran cantidad de hombres.
Del contingente inicial que salió de San Pablo, sólo lograron volver unos cuantos.
CONSECUENCIAS
Las principales consecuencias de la batalla de Mborore fueron la consolidación del territorio, donde estaban establecidos los distintos asentamientos de las misiones, también con el último ataque de los bandeirantes a las misiones y la fortificación y la preparación y entrenamiento militar de los hombres adultos mediante la obtención del permiso real a los jesuitas para formar sus propias milicias de parte del Virrey del Perú García Sarmiento de Sotomayor en 1649, a cambio de esto los guaraníes fueron excluidos de la mita o el pago de impuestos por sus servicios de defensa de la frontera septentrional, esto significo también que los jesuitas pudieron comprar armas de fuego de manera legal
A pesar de su papel defendiendo las fronteras, las milicias tuvieron una mala relación con los habitantes de Asunción En 1735, cuando Bruno Mauricio de Zabala acabó con la Segunda Revolución Comunera del Paraguay las milicias jesuitas contaban con más de 7.000 guaraníes en sus filas. Lo cual otorgaba una mayor autonomía a las misiones, lo que sirvió para asegurar la paz hasta la expulsión de los jesuitas en 1767, y un freno temporal de la apetencia portuguesa sobre los terrenos pertenecientes a la corona española.
Otra de las consecuencias que también trajo el desasosiego y posterior desaparición o en mucho de los casos la existencia en su mínima expresión de los otrora florecientes poblaciones de las misiones evangelizadoras fue el Tratado de Madrid o Tratado de Permuta, que llevo a la Guerra Guaranitica.-
LA GUERRA GUARANITICA
La guerra guaranítica fue el conflicto armado que enfrentó, entre 1754 y 1756, a los indígenas guaraníes de las misiones jesuíticas y las fuerzas españolas y portuguesas, como consecuencia del Tratado de Madrid o Tratado de Permuta, firmado en1750. Cerca de 500.000 kilómetros cuadrados de territorios, dentro del cual estaban los siete prósperos pueblos de: San Luis Gonzaga, San Nicolás, San Francisco de Borja, San Miguel, , San Lorenzo, San Juan Bautista y Santo Ángel, además de estancias pertenecientes a las reducciones de Concepción, Apóstoles, Santo Tome, Yapeyu y La Cruz que se hallaban al occidente del río Uruguay, debían ser entregados a Portugal y en el término de un año, 29.191 guaraníes debían salir de la región con todos sus bienes y trasladarse al occidente del río Uruguay o quedarse y aceptar la soberanía portuguesa.
Tratado de Madrid
La política conciliadora del segundo de los Borbón, Fernando VI (1746-1759), que entendió prudente para España el alejarse de los conflictos internacionales en un tiempo de reconstrucción de su potencia económica y militar en el mundo es la explicación fundamental para la firma de dicho acuerdo en 1950.
Por el mismo, las misiones jesuíticas de la cuenca del alto Uruguay (actual territorio de la Provincias de Misiones y norte de Corrientes de la República Argentina con el Brasil) eran permutadas por la posesión de la Colonia del Sacramento (R.O.U.), plaza portuguesa en la orilla izquierda del Rio de la Plata, que desde su fundación en 1680 había pasado repetidamente de manos españolas a portuguesas.
El fundamento de este canje era para la corona española el asegurarse el dominio de la entrada de la cuenca del Rio de la Plata, puesto en entredicho por la existencia de de esta población, la cual, si bien los españoles habían podido tomar militarmente durante los diversos conflictos en que se vieron enfrentados a los lusitanos en la primera mitad del siglo XVIII, sistemáticamente volvían a entregarla a Lisboa en las mesas de negociación que ponían fin a las guerras.
Sin embargo, la cesión de las misiones jesuíticas a los portugueses era un precio oneroso para los obsesionados dirigentes políticos españoles. Desde su establecimiento, en 1609, los jesuitas habían podido crear una barrera real a la penetración portuguesa en el Rio de la Plata y el Paraguay, conformando, de hecho, las únicas poblaciones permanentes en una frontera irresoluta y tradicionalmente despoblada, hecho que había facilitado el avance lusitano sobre ella.
Por otra parte, los jesuitas habían conseguido con la persuasión lo que los conquistadores rara vez pudieron con la espada: la pacificación del indio en aquella zona de América, y su conversión en trabajador disciplinado y convertido al cristianismo.
Este valor agregado que los indígenas misioneros tenían (su integración social y la productividad de que eran capaces) los convirtió en objeto de la codicia de los bandeirantes, expediciones de cacería de indios que partiendo de ciudades como San Pablo, en el Brasil portugués, buscaban de proveer de esclavos más baratos que los negros africanos a los hacendados portugueses para sus explotaciones agrícolas.
Durante todo el transcurso del siglo XVII y la primera mitad del siglo siguiente, las bandeiras y los indígenas misioneros, dirigidos por los jesuitas, se enfrentaron en sangrientos choques, generalmente favorables a estos últimos, como por ejemplo la batalla de Mborore (sobre un afluente del curso superior del Río Uruguay), en 1641.
De cualquier manera, la corona española prefirió entregar estos dominios a cambio de Colonia del Sacramento, y el Tratado de Madrid así lo sancionó. Para las comunidades indígenas, dirigidas por los religiosos, las perspectivas aparecían como funestas, lo que desencadenó la resistencia a la entrega del territorio.
Artículo XIV: Su Majestad Católica, en su nombre y de sus herederos, cede para siempre a la Corona de Portugal todo lo que por parte de España se halla ocupado, o que por cualquiera título o derecho pueda pertenecerle, en cualquiera parte de las tierras que por los presentes artículos se declaran pertenecientes a Portugal; desde el monte de los Castillos Grandes y su falda meridional y ribera del mar, hasta la cabecera y origen principal del río Ibicuy. Y también cede todos y cualesquiera pueblos y establecimientos que se hayan hecho, por parte de España, en el ángulo de tierras comprendido entre la ribera septentrional del río Ibicuy y la oriental del Uruguay, y los que se puedan haber fundado en la margen oriental del río Pepirí y el pueblo de Santa Rosa, y otros cualesquiera que se puedan haber establecido, por parte de España, en la ribera del río Guaporé a la parte oriental.
Artículo XVI: De los pueblos o aldeas, que cede Su Majestad Católica en la margen oriental del río Uruguay, saldrán los misioneros con los muebles y efectos, llevándose consigo a los indios para poblarlos en otras tierras de España; y los referidos indios podrán llevar también todos sus muebles, bienes y semovientes, y las armas, pólvora y municiones que tengan; en cuya forma se entregarán los pueblos a la Corona de Portugal, con todas sus casas, iglesias y edificios, y la propiedad y posesión del terreno. Los que se ceden por ambas Majestades, Católica y Fidelísima, en las márgenes de los ríos Pequirí, Guaporé y Marañón, se entregarán con las mismas circunstancias que la Colonia del Sacramento, según se previno en el artículo XIV; y los indios de una y otra parte tendrán la misma libertad para irse o quedarse, del mismo modo y con las mismas calidades que lo podrán hacer los moradores de aquella plaza; solo que, los que se fueren, perderán la propiedad de los bienes raíces, si los tuvieren.
Prolegómenos del conflicto
En septiembre de 1750 llegaron a las Misiones las primeras noticias sobre el tratado, el superior de las reducciones Bernardo Nusdorffer dio órdenes de mantenerlas en secreto hasta que se hicieran oficiales para evitar reacciones en contra del mismo. En abril de 1751 llegó a Buenos Aires la comunicación oficial del Tratado de Madrid junto con una carta del General de la Compañía de Jesús, Francisco Retz, ordenando el cumplimiento del mismo.
Entre marzo y abril de 1752 Nusdorffer comunicó oficialmente a los cabildos y caciques de los siete pueblos y de los cinco que tenían estancias en el territorio que tenían un año de plazo para abandonar su tierra, recibiendo por respuesta una negativa rotunda.
A mediados de 1752 el cabildo y los caciques de San Juan Bautista se declararon en rebeldía y tomaron las armas de fuego que se mantenían bajo llave por los jesuitas, poco después ocurrió lo mismo en San Miguel, Santo Ángel y luego los demás pueblos. La situación quedó fuera de control y en mayo de 1753 los rectores jesuitas de cada pueblo presentaron sus renuncias, pero fueron rechazadas por el obispo y por el gobernador de Buenos Aires.
En septiembre de 1752 comenzaron por parte de una comisión de las dos coronas, los trabajos de demarcación de la frontera hispano-portuguesa en la zona. Los demarcadores estaban al mando de Gómez Freire de Andrada (portugués, más tarde Conde de Bobadella) y de Gaspar de Munive Marques de Valdelirios (español), quien era ministro plenipotenciario y comisario regio, con poderes de superioridad sobre virreyes, gobernadores y demás autoridades españolas en esa parte de América. El 23 de diciembre de 1752 colocaron el primer marco en Castillos Grandes en la costa del Océano Atlántico y se dirigieron hacia el norte. Los hitos de piedra tenían labrados las iniciales de los títulos de los reyes en la cara que estaba orientada hacia sus dominios (R.C -Rey Católico- del lado español y R.F. -Rey Fidelísimo- del lado portugués), además de ostentar los escudos de armas de ambos reinos y las leyendas respectivas, escritas en latín: Sub Joanne V, LusitanorumRegeFidelissimo (Bajo Juan V, rey Fidelísimo de Portugal), y Sub Ferdinandus VI, Hispaniae Rege Catholice (Bajo Fernando VI, rey Católico de España), además de la frase Ex pactisregendorum Finium Comentis Matriti Idibus Januari MDCCL (Por el pacto hecho entre los reyes en Madrid, en los idus de enero de 1750).
Tanto despliegue de latinismo y orfebrería fronteriza hablaba de un deseo de fijar la frontera a perpetuidad entre ambas coronas, pero no fue argumento suficiente como para convencer a los indígenas guaraníes. El 27 de febrero de 1753 los demarcadores llegaron al punto de inicio del territorio misionero en la capilla del puesto de Santa Tecla, dependiente de San Miguel (actual Bague). En ese lugar debía encontrarse el jesuita Tadheo Ennis para recibir a los demarcadores, pero estos se encontraron con una guarnición armada guaraní que les impidió el paso a sus territorios. Los trabajos de demarcación se suspendieron, retirándose los portugueses hacia Colonia y los españoles hacia Montevideo. Luis Altamirano se dirigió a los pueblos para intentar convencerlos de cumplir la orden de abandono, pero debió regresar a Buenos Aires el 3 de marzo de 1753 sin lograrlo.
El marqués de Valdelirios y el padre Luis Altamirano, de la Compañía de Jesús, integrantes de la comisión de demarcación, fueron incapaces de hacer desistir a los habitantes de las Misiones orientales de pasar a ser súbditos de la corona portuguesa, expresamente los pueblos (de habla guaraní) declararon en el parlamento de Santa Tecla que querían mantenerse dentro del área hispana, los españoles se consideraron obligados a cumplir las estipulaciones del tratado con la corona portuguesa dando origen al conflicto (principios de 1754).
Desarrollo de la guerra
A principios de 1754 el marqués de Valdelirios llegó a Buenos Aires procedente de España portando una Real Cédula por la que el rey ordenaba al gobernador de Buenos Aires, Jose Andonaegui, tomar inmediatamente por la fuerza los siete pueblos y entregárselos a los portugueses. En una junta celebrada en la isla Martin García entre Valdelirios, Gomes Freyre y Andonaegui, se acordó que además de los cuerpos veteranos se convocarían milicias de Montevideo, Santa Fe y Corrientes. Andonaegui en mayo de 1754 concentró 1.500 soldados en el lugar denominado Rincón de las Gallinas (hoy Rincón de Haedo en la confluencia del río Negro con el Uruguay) y avanzó hacia la estancia de Yapeyú, a donde llegó en junio. Sin embargo el mal tiempo imposibilitó la campaña y una columna destacada hacia Yapeyú fue aniquilada por los guaraníes al mando de Rafael Paracatu, cacique de Yapeyú, por lo que Andonaegui desistió de continuar y se retiró desde el río Ibicuy hasta el Salto Chico del río Uruguay el 10 de agosto, siendo hostilizadas sus tropas por los rebeldes, aunque lograron capturar a Paracatú en el combate del Daymán y llevarlo a Buenos Aires. Las fuerzas portuguesas sufrieron los mismos problemas climáticos y los ataques guaraníes al mando del capitán Jose Sepé Tarayú, quien atacó el Fuerte Jesús, María, José de Río Pardo donde fue vencido y capturado entre marzo y abril de 1754, pero la noche anterior a su ejecución burló la guardia y logró escapar. Los portugueses también debieron abandonar la campaña tras un armisticio celebrado en noviembre de 1754 en el Rio Rio Yacui.
Charrúas, Guenoas y Minuanes hicieron causa común con los guaraníes y hostilizaron a los aliados además de vigilar sus movimientos.
Combates como el de Dayman, mostraron una superioridad ostensible de los aliados frente a las tropas indígenas. Estas, que tenían conocimiento del manejo de las armas de los blancos por su eterna lucha contra las bandeiras, se vieron superadas rápidamente. En varios encuentros, los indígenas llegaron a utilizar cañones cuya estructura era de caña tacuaruzu (del grueso de un brazo), pero que no hicieron mella en los invasores.
Las fuerzas españolas, mandadas por el gobernador de Buenos Aires, José de Andonaegui y el flamante Gobernador de Montevideo, Jose Joaquín de Viana, y las portuguesas, dirigidas por el gobernador de San Pablo y Rio de Janeiro, Gomes Freire de Andrade, decidieron combatir juntas contra los sublevados en diciembre de 1755, quienes siguieron como jefe supremo al cacique Sepé o Sepee, cuyo nombre de bautismo era José SepéTiarayú.
En febrero de 1756 las fuerzas de Andonaegui reforzadas por 150 soldados procedentes de España, junto con 1.670 hombres del gobernador de Montevideo 1.200 soldados portugueses al mando de Gomes Freire, se reunieron en Santa Tecla para avanzar sobre San Miguel. Los guaraníes evitaron dar batalla y se limitaron a realizar una guerra de guerrillas.
En la sierra de Batovi, en uno de los encuentros de las guerrillas guaraníes con una columna aliada, el gobernador Viana mató personalmente a Sepé de un tiro de pistola. La jefatura del ejército indígena recayó en manos de otro caudillo, Nicolás Ñanguirú (palabra que en guaraní significaría "flecha del diablo"), otrora corregidor del pueblo de Concepción.
El 10 de febrero de 1756, al pie del cerro Caibaté, el ejército aliado, de unos 2.500 hombres, cercó a Ñanguirú y sus hombres y los exterminó. Quedaron en el campo de batalla 1.511 guaraníes muertos, entre ellos el propio caudillo Ñanguirú y 154 prisioneros, unos pocos centenares lograron huir. El ejército aliado sufrió solo 4 muertos (3 españoles y un portugués) y 30 heridos (10 españoles, entre ellos Andonaegui y 20 portugueses, entre ellos el capitán Luis Osorio). Al día siguiente entraron en San Miguel e instaron la rendición de los demás pueblos, que la aceptaron excepto San Lorenzo.
Luego de este sangriento encuentro, cesó la resistencia, y las misiones jesuíticas se despoblaron, volviendo los indios a los montes para escapar de los portugueses. El 22 de marzo en Chumiebí se produjo otro combate en donde fueron dispersados los guaraníes.
Ruinas de viviendas comunitarias.- La foto da una imagen del avance edilicio de las poblaciones 
Ruinas de la iglesia de la reducción de San Miguel.
Grupos guaraniés continuaron hostilizando el avance de los aliados y practicando la táctica de la tierra arrasada, quemando los pueblos de San Miguel y San Luis, aunque San Lorenzo fue capturado antes de que pudieran incendiarlo. Santo Ángel fue convertido en cuartel de las tropas españolas y San Juan Bautista de las tropas portuguesas. En mayo se produjo el último combate en San Miguel. El 8 de junio Andonaegui dio por terminada la guerra y supervisó la evacuación de los indígenas al occidente del río Uruguay, permaneciendo el ejército aliado durante diez meses en las Misiones, retirándose los portugueses hacia Río Pardo sin lograr ponerse de acuerdo sobre el límite en las cabeceras del río Ibicuy y sin entregar la Colonia del Sacramento a España el 12 de diciembre de 1757. En noviembre de 1756 Viana hace construir el fuerte de San Antonio del Salto Chico (hoy ciudad uruguaya de Salto).2 Para resolver los puntos aún pendientes, los comisarios acordaron reunirse en la Junta de Yacuy el 1 de junio de 1758, pero no se llegó a un acuerdo sobre el Ibicuy.
Un historiador uruguayo cita al gobernador de Montevideo, Viana, que al entrar a San Miguel, una de las misiones y pueblo que él no conocía, habría exclamado: ¿Y éste es uno de los pueblos que nos mandan entregar a los portugueses? Debe de estar loca la gente de Madrid...
Sea verídica o no la anécdota y el lamento, las misiones jesuíticas no pasaron a manos de Portugal, ni Colonia del Sacramento a España, ya que poco después, en 1761, durante la Guerra de los Siete Años, el rey Carlos III logró anular el Tratado de Madrid, que quedó sin efecto por medio del Tratado de El Pardo.