En el lado alemán se encontraban relativamente impotentes ante estas medidas de evacuación. En los puertos marítimos de Brest y Lorient, los barcos que no pudieron zarpar fueron hundidos y las esclusas de los diques y las gruas portuarias fueron voladas. Sobre las dos ciudades se arremolinaban las columnas de humo de los suministros de combustible ardiendo. En los talleres del Arsenal, los trabajadores tornaron inútiles sus máquinas y en los hornos se estaban quemando los documentos con los planos de la construcción naval francesa y los archivos de las prefecturas marítimas. Ni una gota de combustible, y ni un solo dibujo técnico debía caer en las manos de los oponentes alemanes.

Cuando el prefecto marítimo francés de Brest, finalmente capituló el 19 de junio de 1940, el puerto estaba desierto y las zonas de muelles, dársenas y diques secos estaban bloqueados por los barcos hundidos. Dos días después de la entrada de las tropas alemanas en Brest llegó a la importante ciudad portuaria quien estaba previsto como futuro comandante, el Vicealmirante alemán Lothar von Arnauld de la Periere (muerto en 1941 en un accidente aéreo en cercanías de Paris), el más exitoso comandante de submarinos en la Primera Guerra Mundial y la historia naval en su conjunto. Este hecho demuestra una vez más como las operaciones durante la campaña en el oeste sorprendían a la Kriegsmarine y como los primeros pasos fueron marcados por las prisas y la improvisación. El objetivo principal del nuevo comandante no era otro que la rápida utilización del puerto. Hacia fines de julio de 1940, la Kriegsmarine carecía de todo tipo de vehículos y embarcaciones importantes para la operación portuaria. Desde barcazas, remolcadores, grúas flotantes todo llevaría mucho tiempo en ser recuperado o debería ser transportado desde Alemania hasta la costa atlántica. Incluso las fuerzas barreminas eran insuficientes.

A pesar de las malas condiciones, el comandante del Grupo Naval Oeste decidió ya el 23 de junio de 1940 establecer una base de submarinos en Brest. Aunque el comandante de la Fuerza de Submarinos (BdU), el Contralmirante Karl Dönitz, después de una inspección personal de los puertos en vista de la destrucción observada en Brest, determinó dar preferencia al puerto de Lorient como la nueva base principal del arma submarina alemana en el Atlántico, sin embargo el establecimiento de una organización de astilleros en funcionamiento para toda la costa atlántica era indispensable. El arma submarina que parecía estar mucho más organizada que el resto de la Kriegsmarine, porque Doenitz ya antes de su partida de Alemania había dispuesto la partida de un tren con torpedos y otros suministros hacia la costa atlántica. Este tren arribó a Lorient sin contratiempos y sirvió de base para el nuevo taller naval de reparación de submarinos. Ya el 7 de julio de 1940 el U-30 fue el primer submarino alemán en alcanzar la nueva base.