La inesperada muerte de Teodosio dejaba al Imperio en una situación delicada. Sobre el papel la cuestión sucesoria estaba resuelta puesto que Teodosio antes de morir había nombrado a sus hijos Honorio y Arcadio Augustos de la parte occidental y oriental respectivamente. Pero Honorio tenía tan solo 10 años y Arcadio, aunque debía tener 17 o 18 años, era de carácter débil y fácilmente influenciable (podría haber padecido un retraso mental), por lo que la cuestión que se planteaba no era tanto quien se iba a sentar en el trono, sino quien iba a sostener las riendas del poder a la sombra de los soberanos. Como ya se había descubierto hacía siglos el poder imperial no se sostenía en la voluntad del Senado o del Pueblo, sino en el ejército, de manera que eran los generales quienes “a priori” estaban mejor posicionados para dirigir el Imperio en nombre de los hijos de Teodosio. 

En la cumbre del generalato se encontraban los maestres (magistri). Originalmente existían un maestre de la infantería (magister peditum) y un maestre de la caballería (magister equitum) que estaban al mando del ejército de maniobra acuartelado cerca de la corte, “en presencia” del emperador (praesentalis). Como en la práctica ambos maestres mandaban tanto tropas de caballería como de infantería en tiempos de Teodosio se les comenzó a denominar como maestres de ambas milicias (magistri utriusque militiae) o más sencillamente como maestres de los soldados (magistri militum). El rango de magister militum praesentalis garantizaba un asiento en el consistorium o consejo imperial. Además de los dos magistri praesentales Teodosio creó otros tres nuevos mandos para dirigir los ejércitos de maniobra regionales: magister militum per Thracias, magister militum per Illyricum y magister militum per Orientem. Estos maestres regionales tenían menos poder que los maestres praesentales porque sus sedes estaban lejos de la corte y sus ejércitos eran menores. En cambio en la parte occidental los grados de magister peditum y magister equitum continuaron en uso, y el primero de ellos ocupaba una posición jerárquica algo superior que le convertía en el comandante en jefe de los ejércitos occidentales. Por debajo de los magistri estaban los comites (singular comes), generales al mando de tropas comitatenses, siendo especialmente codiciados los cargos de comites domesticorum, comandantes de la guardia de los domésticos, que también daban derecho a participar en las sesiones del consistorium. Por último los duces (singular dux) eran generales al mando de tropas fronterizas (limitanei).

Los hombres que ocupaban estos cargos tenían una acentuada conciencia de casta y habían tejido entre ellos una red de alianzas en la que los matrimonios de interés eran la principal herramienta. Un oficial ambicioso casado con la hija de un general podía esperar que las influencias de su suegro le facilitaran un ascenso rápido y éste obtenía un aliado que podía ser de mucha utilidad llegado el caso. En una sociedad en la que por ley el hijo heredaba la profesión del padre aparecieron auténticas dinastías de generales: la influencia del progenitor y la experiencia que proporcionaba haber servido a su lado desde la infancia allanaban el camino del hijo hacia el generalato. El propio Teodosio, él mismo un general, es el mejor ejemplo: era hijo de Teodosio el Viejo que había sido comes Britanniarum y magister equitum praesentalis en tiempos de Valentiniano I y había puesto  gran empeño en formalizar lazos familiares con varios generales. Casó a Nebridio, sobrino de la emperatriz Flacila, con una hija del comes Africae Gildón (aunque eso no le garantizó su apoyo en la guerra contra Arbogasto) y a sus sobrinas Termancia y Serena, hijas de su difunto hermano, con otros generales (el esposo de esta última era Estilicón, el militar favorito de Teodosio en quien había depositado grandes esperanzas). Emparentar con la casa imperial era un objetivo ambicionado por cualquier militar hambriento de poder e influencia.

 En ese selecto club de generales aparecen durante el siglo IV muchos nombres no romanos. Cuando Juliano muere en el curso de su campaña persa los oficiales superiores de los ejércitos de maniobra occidental y oriental (era una campaña conjunta) se reunieron para decidir qué hacer, dándose el caso de que ninguno de los cuatro era romano: Nevita y Dagalaifo eran los portavoces de los comitatenses occidentales y Arinteo y Víctor (sármata con nombre romanizado) de los orientales. Y sin embargo de ese consejo salió la decisión de ofrecer el trono vacante a Joviano, un oficial de origen romano. Un caso similar se produjo tras la muerte de Valente en Adrianópolis: algún autor sugiere que Graciano eligió a Teodosio como colega imperial porque era el único de sus generales de alto rango que era romano de nacimiento (en esos momentos tanto los magistri praesentales Merobaudes y Frigerido como los comites domesticorum Ricomeres y Melobaudes eran germanos). De los 16 magistri militum conocidos durante el reinado de Teodosio al menos nueve no tienen nombre romano. Durante la mayor parte de la segunda mitad del siglo IV los francos fueron los más numerosos de entre estos generales pero hacia el cambio de centuria se hacen más visibles los godos, en proporción directa al peso que los soldados de ese origen empezaban a tener en el ejército. Esos generales tenían la ventaja de estar familiarizados con la lengua y costumbres de los cada vez más numerosos soldados de origen bárbaro, pero su destacada presencia respondería también a la existencia de una regla no escrita, pero siempre respetada, según la cual un bárbaro no podía acceder al trono imperial. Los emperadores se sentirían más cómodos teniendo a su alrededor a generales que no podían sentirse tentados por la púrpura frente a los romanos de nacimiento que eran siempre usurpadores en potencia. 

La súbita muerte de Teodosio se produjo en un momento de transición: la parte occidental del Imperio acababa de ser absorbida y el ejército se encontraba en plena reorganización. De los dos magistri praesentales de Teodosio, Ricomeres había fallecido antes de la campaña contra Eugenio y su colega Timasio había regresado a la parte oriental pastoreando a los foederati desmovilizados  hasta sus áreas de asentamiento. Eso dejaba a Estilicón, que acababa de ser promovido a magister peditum praesentalis, al frente tanto de las fuerzas occidentales que habían sobrevivido a la batalla del Frigidus como del ejército de maniobra oriental que todavía permanecía en el norte Italia. Con ese respaldo Estilicón se apresuró a comunicar que Teodosio en su lecho de muerte le había encomendado la custodia de sus dos hijos, designándole guardián y protector de los jóvenes Augustos. Nadie se atrevió a cuestionar al general que se convertía así en el hombre fuerte del gobierno occidental detentando el poder en nombre de Honorio. Sin embargo en Oriente el desarrollo de los acontecimientos no iba a resultar tan favorable para Estilicón ni para los militares. 

Cuando Teodosio partió hacia el oeste se hizo acompañar por su hijo Honorio, al que planeaba  sentar en el trono de Occidente, dejando en Constantinopla como Augusto oriental a su primogénito Arcadio. En enero del año 395 Estilicón, el autoproclamado guardián de Arcadio, se encontraba en Milán, a 2.000 de kilómetros de Constantinopla, y eso brindaba una oportunidad de oro para que alguien audaz y ambicioso pudiera hacerse con el poder manipulando al joven y débil emperador. Ese hombre sería Flavio Rufino que, curiosamente, no era un militar, sino un funcionario civil. En el Bajo Imperio había una total separación entre la administración civil y la militar. El único cargo que podía recaer indistintamente en un militar o en un civil era el consulado: la vieja magistratura anual era desde hacía tiempo un título meramente honorífico que marcaba la culminación de una brillante carrera. Además los integrantes de ambas jerarquías tenían orígenes muy diferentes: los miembros del orden senatorial se decantaban casi sin excepción por las magistraturas civiles mientras que los altos oficiales militares habían ascendido desde la soldadesca o eran hijos de oficiales. 

Rufino nació en Aquitania y como otros occidentales llegó a Constantinopla acompañando a Teodosio cuando éste se hizo cargo del gobierno de la pars Orientis en el año 379, iniciando una imparable carrera política que le llevaría a ser nombrado cónsul el 392 y, ese mismo año, prefecto del pretorio de Oriente. Los prefectos del pretorio eran los cargos más altos de la jerarquía civil, equivalentes a los magistri en la milicia. En la mitad oriental del Imperio había dos, el de Ilírico y el de Oriente, pero este último gobernaba sobre un territorio mucho mayor (46 de las 57 provincias) y tenía su sede en la propia Constantinopla, muy cerca del emperador, lo que le convertía en el funcionario civil más poderoso. La ambición de Rufino era proverbial y no tuvo escrúpulos a la hora de eliminar a quien pudiera suponer un obstáculo en su carrera. Llegó al cargo de prefecto del pretorio después de deshacerse de su predecesor Tatiano acusándolo de corrupción y manipulando pruebas hasta lograr que fuera depuesto y condenado al exilio y a la damnatio memoriae. No se detuvo ahí sino que obtuvo la ejecución de Próculo, hijo de Tatiano que ocupaba el cargo de prefecto de la ciudad de Constantinopla, y sacó adelante una ley que prohibía el ejercicio de la función pública a los nacidos en Licia (Tatiano era originario de esa provincia y había logrado situar a muchos paisanos en puestos claves de la administración). Resultaba inevitable que la ascensión de Rufino le llevase más pronto que tarde a chocar con los generales. Poco antes de su nombramiento como prefecto Rufino se había enfrentado con Timasio y Prómoto, los dos magistri praesentales de Teodosio. Durante una sesión del consejo imperial en el año 392 acusó a Prómoto de ser incapaz de acabar con los godos que se habían rebelado en Macedonia y en un arranque de ira el general le abofeteó. Teodosio, que veía a Rufino como un contrapoder frente a los militares, le dio la razón y desautorizó al magister. Rufino entendió que el emperador le daba carta blanca y maniobró para que se relevara a Prómoto del mando que ostentaba y se le destinara a la frontera del Danubio para instruir reclutas. Como ya mencionamos, cuando el general marchaba hacia su nuevo destino resultó muerto en una emboscada tendida por un misterioso grupo de bastarnas. Con Prómoto desaparecía un enemigo declarado de Rufino y no pocos sospecharon que él mismo había urdido el ataque. Poco después, cuando las fuerzas imperiales lograron por fin rodear a los rebeldes, Rufino hizo detener el asalto definitivo y entabló negociaciones de paz, hurtando la victoria a Estilicón. Con estos antecedentes no es sorprendente que Rufino fuera muy poco popular entre los generales que se convertirán en sus peores enemigos cuando logre hacerse con el control político en Constantinopla. Pero con el ejército de maniobra en Italia los militares tuvieron que recurrir a métodos indirectos para socavar el poder del prefecto. 

Rufino tenía en mente casar a Arcadio con su hija: como suegro del emperador su poder quedaría reforzado y a través de la emperatriz podría manejar todavía con más facilidad al joven Augusto. Pero los generales maniobraron hábilmente para dar al traste con esos planes. Resultó que en palacio trabajaba un eunuco llamado Eutropio que había estado durante su juventud al servicio del general Abundancio (magister utriusque militiae y cónsul en el año 393) hasta que éste lo regaló a Teodosio. El eunuco supo ganarse la confianza del emperador y fue nombrado praepositus sacri cubiculi (jefe del servicio de los aposentos imperiales), cargo que le daba acceso directo a Arcadio. Abundancio todavía conservaba influencia sobre el eunuco y entre ambos idearon el modo de sabotear la estrategia de Rufino. Eutropio, aprovechando su cercanía con Arcadio, habló al emperador de una joven de belleza excepcional llamada Aelia Eudoxia. Las palabras del eunuco despertaron la pasión de Arcadio que, cuando finalmente vio el retrato de la muchacha, decidió tomarla como esposa. Eudoxia era hija del general de origen franco Bauto (y por lo tanto, de creer a Juan de Antioquía, sería hermana de Arbogasto). Al quedar huérfana había sido acogida por la familia de Prómoto y en el año 395 todavía vivía en casa de uno de los hijos de ese general. Era por tanto un peón del partido de los generales y, habiéndose criado con la familia de Prómoto (asesinado a instancias de Rufino), forzosamente hostil al poderoso prefecto. Los preparativos para la boda imperial siguieron adelante mientras Rufino continuaba convencido de que la afortunada novia era su hija. La ceremonia se celebró el 27 de abril del año 395 y solo cuando la comitiva nupcial se detuvo ante la casa del hijo de Prómoto cayó Rufino en la cuenta del engaño. Los generales podían contar desde ese día con que la flamante emperatriz y el eunuco contrarrestarían en gran medida la influencia que Rufino tenía sobre Arcadio. El suelo bajo los pies del prefecto empezaba a hacerse poco firme. 

Para empeorar las cosas los tervingios al servicio del Imperio volvían a dar muestras de inquietud. Cada vez que los foederati eran movilizados para una campaña se mostraban luego reacios a regresar a sus asentamientos, probablemente porque a muchos de ellos les resultaba más atractiva (y lucrativa) la vida de soldado que la de campesino. Además en la batalla del Frigidus habían llevado el peso del combate y pagado la victoria con la vida de 10.000 guerreros. Algunos decían que Teodosio los había lanzado a una carga suicida con la intención de debilitarlos y hacerlos más dóciles para después obligarlos a regresar a sus tierras atravesando los Alpes Julianos y los Balcanes en pleno invierno mientras los comitatenses permanecían en el rico valle del Po. El descontento entre los godos era muy grande y solo hacía falta un líder que supiera canalizarlo. Éste sería Alarico, que había luchado con sus hombres en el Frigidus a las órdenes de Gaínas y confiaba en ser recompensado con un nombramiento de oficial del ejército regular, objetivo buscado por muchos jefes tribales por el sueldo, el prestigio y el acceso a los recursos logísticos que solo esa posición podía proporcionar. Al ver defraudadas sus aspiraciones se levantó en armas con la intención de presionar al nuevo gobierno de Constantinopla aprovechando que el ejército de maniobra estaba aun en Italia. 

Los godos devastaron Tracia y avanzaron hacia la capital respetando cuidadosamente las propiedades de Rufino. Alarico ya había negociado con él en el 392 y sabía que era un hombre con el que se podía llegar a un acuerdo. En realidad Rufino no tenía muchas opciones ya que carecía de capacidad militar para hacer frente a los godos al haberse negado hasta el momento Estilicón a devolver las unidades comitatenses orientales. Así que, cuando Alarico acampó a la vista de las murallas de Constantinopla, Rufino salió a su encuentro vestido al estilo godo dispuesto a negociar. El resultado fue que los godos se alejaron de la capital dirigiéndose hacia el oeste, a Macedonia y Tesalia. El prefecto había comprado la voluntad de Alarico y los servicios de los tervingios y disponía así por fin de una fuerza militar (aunque poco fiable) que dirigía contra quien consideraba que era su enemigo más peligroso: Estilicón. 

En esos momentos el magister peditum marchaba por tierra en paralelo a la costa dálmata al frente de los ejércitos de maniobra occidental y oriental. Estilicón había decidido que era inadmisible que los godos camparan a sus anchas y, ya que el gobierno oriental no hacía nada por frenarlos, él mismo acabaría con su rebeldía y de paso anexionaría Iliria al Imperio occidental. Esa prefectura había estado tradicionalmente gobernada por el Augusto occidental pero durante la última guerra civil había estado administrada “de facto” por Teodosio quien, según la versión de Estilicón, le habría comunicado en su lecho de muerte su voluntad de que volviera a integrarse en la pars Occidentis. Las fuerzas combinadas que mandaba Estilicón eran muy superiores a las de Alarico y en caso de enfrentamiento parecía claro que la victoria caería del lado romano. Pero cuando los dos ejércitos estaban ya próximos Estilicón recibió órdenes de Arcadio: las fuerzas de Alarico eran foederati al servicio del Imperio y no debían ser molestadas. Además Estilicón había entrado sin permiso en Iliria, prefectura perteneciente al Imperio oriental, y debía abandonar ese territorio inmediatamente, no sin antes devolver todas las unidades comitatenses pertenecientes al ejército oriental que tuviera bajo su mando. 

Llegados a ese punto Estilicón podría haber hecho caso omiso de las órdenes imperiales: podría haber atacado y derrotado a Alarico y haber marchado con su ejército sobre Constantinopla para deponer a Rufino y reunir bajo su mando la herencia de Teodosio como guardián y protector de sus dos hijos. Pero no lo hizo. Tal vez Estilicón pretendiera agotar todas las posibilidades antes de emprender una guerra abierta contra Oriente, o tal vez pesara en su ánimo que su esposa Serena y sus hijos permanecían en Constantinopla donde podían ser objeto de represalias. Lo cierto es que Estilicón cumplió escrupulosamente las órdenes de Arcadio. En primer lugar dejó escapar a Alarico, que se dirigió hacia Grecia. Rufino ordenó a Geroncio, comandante de la guarnición de las Termópilas, que permitiera a los godos pasar sin ser hostigados ofreciéndoles así en bandeja de plata el saqueo de un territorio que hasta ahora se había visto libre de depredaciones: Grecia era el pago que recibía Alarico por sus servicios. Además Estilicón llegó a un acuerdo con Rufino para dividir entre los dos imperios la prefectura ilírica (la diócesis de Panonia para el occidental y las de Macedonia y Dacia para el oriental, reparto que aparece reflejado en la Notitia Dignitatum) y envió a Constantinopla las unidades orientales mientras él se retiraba con el ejército de maniobra occidental. Podría parecer que Rufino había ganado la partida, pero Estilicón se guardaba un as en la manga: las tropas que marchaban hacia Constantinopla eran un regalo envenenado para el prefecto. 

Estilicón había puesto las unidades orientales al mando del general Gaínas que era un hombre de su entera confianza. Gaínas avanzó hacia Constantinopla siguiendo la vía Egnatia llegando a las proximidades de la capital el 27 de noviembre del año 395. El emperador y toda la corte, como era costumbre, salieron extramuros para recibir al ejército en el Campo de Marte de Hebdomon. Las tropas desfilaron ante los dignatarios y al concluir la parada militar Rufino descendió de la tribuna y se mezcló con los soldados intentando ganarse su simpatía. Éstos, a una señal de Gaínas,  desenfundaron sus espadas y descuartizaron al prefecto ante la mirada horrorizada de Arcadio. Los comitatenses dieron muerte también a los odiados hunos que formaban la guardia personal de Rufino (es el ejemplo más temprano conocido de bucelarios o soldados privados). A continuación clavaron la cabeza del desgraciado en lo alto de una pica y la pasearon por las calles entre las burlas del populacho mientras otros iban casa por casa presentando extendida una de sus manos cercenadas diciendo “dad para el insaciable” (en referencia a su desmedido afán de lucro). Tras ese estallido de violencia Gaínas habría podido fácilmente hacerse con el poder para Estilicón o para sí mismo, pero al general godo debió de parecerle que con Rufino eliminado y con Eudoxia y Eutropio cerca del emperador las riendas del poder quedaban seguras en manos de los militares. Si era eso lo que pensaba no podía estar más equivocado. 

Resultó que Eutropio no iba a ser el fiel peón que los generales habían previsto. El eunuco tenía su propia agenda y apoyado por la joven emperatriz empleó con habilidad su influencia sobre Arcadio para convertirse en el auténtico poder a la sombra del trono. Eutropio desplegó una ambición y un afán de lucro que empequeñecieron a los de Rufino. A través del débil Arcadio situó a personajes de su confianza o fáciles de manejar en los más altos cargos de la administración civil, del ejército e incluso de la Iglesia, tejiendo una red de influencias que le permitía controlar todo el aparato estatal. El poder del eunuco llegó a ser enorme: la venta de cargos le permitió acumular una gran riqueza personal, sus espías estaban por todas partes y los delatores eran recompensados. Como Rufino, Eutropio era consciente de que solo los generales y el ejército tenían capacidad para poner freno a su ambición y puso todo su empeño en acabar con esa amenaza. 

En el año 396 Eutropio desencadenó una purga que afectó a las cabezas más visibles del ejército. Apoyándose en falsos testimonios acusó de conspiración y alta traición a los generales Abundancio (su antiguo amo al que debía su promoción) y Timasio, que en esos momentos ostentaba el mando del ejército de maniobra como magister militum praesentalis. Ambos fueron condenados al exilio y sus considerables fortunas personales fueron a parar directamente a las arcas del eunuco. El veterano Timasio fue desterrado a un oasis en el desierto libio donde fallecería poco tiempo después (tal vez tratando de escapar a Egipto). Además Eutropio practicó una política deliberada de debilitamiento del ejército. Probablemente las unidades orientales que Estilicón devolvió el año 395 estaban muy por debajo de sus plantillas teóricas: después de los desastres de los años 378 y 380 habría resultado imposible lograr que las unidades volvieran a estar al 100% de efectivos y el generalísimo occidental habría conservado a su lado a los mejores hombres. Además los comitatenses ya no eran tan efectivos como antes: caros de mantener y difíciles de sustituir se les había mantenido alejados de primera línea dejando que otros llevaran el peso de los combates y la cruel disciplina de antaño se había relajado para evitar que a los reclutas bárbaros les resultara más atractivo servir en los foederati. Eutropio no haría nada por mejorar esa situación. Al contrario, parece que hizo todo lo que estuvo en su mano para debilitar todavía más al ejército de maniobra. La imagen de Rufino descuartizado por los soldados estaba aún fresca en la mente del eunuco que debió pensar que para su propia seguridad era preferible un ejército débil. Además, cuanto más pequeño fuera el ejército menos peligrosos serían sus generales. Para lidiar con las amenazas externas confiaba con que bastase con emplear a los foederati, la diplomacia o, llegado el caso, el oro. Solo esa debilidad intencionada explica el vergonzoso papel que jugará el ejército praesentalis en la crisis del año 399. 

La capacidad operativa del ejército de maniobra principal acantonado en los alrededores de Constantinopla se vio todavía más mermada al quedar sin comandante ya que tras la condena de Timasio el cargo de magister militum praesentalis permaneció vacante. En ausencia del magister praesentalis los militares de mayor graduación del ejército eran los tres magistri de las fuerzas comitatenses regionales que tenían bajo su mando directo un número reducido de tropas y sus sedes lejos de la capital. Es muy significativo que en el año 397 esas tres comandancias estuvieran en manos de generales godos. Alarico, después de saquear Grecia durante dos años y eludir una vez más a Estilicón, había sido elevado al rango de magister militum per Illyricum, confiando Eutropio que actuaría como valladar ante cualquier intento del generalísimo occidental de  intervenir de nuevo en la pars Orientis (aunque eso significara poner en manos del caudillo godo todos los recursos militares de esa diócesis, incluyendo las fábricas estatales de armamento). Desde el año 395 Fravita ostentaba el mando del ejército comitatense de Asia (magister militum per Orientem), y así se le mantenía alejado de los otros godos tras su funesta disputa con Eriulfo. Finalmente el propio Gaínas ostentaba el mando de la frontera del Danubio como magister militum per Thracias. Gaínas había tenido la esperanza de ser designado como magister militum praesentalis tras la defenestración de Timasio, pero Eutropio no estaba dispuesto a ceder ese cargo a alguien al que su popularidad entre los soldados y auxiliares godos convertía en un rival en potencia que podría usar su poder para convertirse en otro Estilicón. El eunuco no se había atrevido, todavía, a atacar abiertamente al general godo, pero lo alejaba de Constantinopla. Y sin embargo el mando en Tracia no carecía de ciertas ventajas para Gaínas ya que le permitía estar en contacto con los foederati godos asentados en esa diócesis (aquellos que no se habían unido a Alarico), muchos de los cuales habían servido a sus órdenes en el Frigidus. En realidad el limes del Danubio no estaba tan lejos de Constantinopla y desde allí Gaínas esperó pacientemente su oportunidad.